在《辐射4》中，学院线是一个重要的剧情线，涉及多个任务和角色。以下是学院线的主要流程：
主线任务“内贼”
在进行主线任务“内贼”时，主角扫描学院的电脑网路后，会进入一个地下城市，称为学院的科技实验基地。
在居住区，主角会遇到一个叫尚恩的小男孩，他邀请主角加入学院。加入学院不会与其他路线产生冲突，反而有助于完成其他路线的任务。
熟悉学院
玩家需要熟悉学院环境，并前去会见四名部门主管。通过电梯到达庭院，切换到本地地图，可以看到四名主管的位置，按照指示进入对应的建筑即可。
个人房间
在学院内，玩家需要找到自己的房间，以便进行休息、存储物品等操作。进入学院后，找到居住区入口，左转进入第一个门，再通过楼梯上到二楼，就可以看到自己的房间。
学院任务
学院线中包含多个与学院相关的任务，例如：
Synth Retention：儿子说一个叛逃的合成人当了掠夺者头头，要把他回收一下。
The Battle Of Bunker Hill：儿子说铁路偷了很多合成人藏在这里，要把这些合成人回收，并且把这里的铁路打击一下。
Mankind Redefined：儿子开会说自己快不行啦，要把领导人职位让给冰棍，伙计们不理解不支持，但是没办法。
Mass Fusion：为了获得核能发电的关键装置，要去大融合电厂拿东西，但是那东西BOS也想要，和BOS永久敌对。
