在崩坏3中，收集宝箱矩阵的通过方法如下：
解锁矩阵探索
舰长的指挥官等级达到9级并加入或创建了舰团后，便会解锁“矩阵探索”。
进入矩阵探索
通过【出击】界面【外传】选项下的【矩阵探索】模块选择【外传】-【矩阵探索】。
或者通过【舰团】界面中的【格纳库】模块进入“矩阵探索”的准备界面。
探索层数与难度
“矩阵探索”没有探索层数的上限，随着层数的增加，关卡的难度与回报也会不断上升。
消耗与奖励
每一层都需要消耗一个道具“舰团燃料”，该道具可以通过舰团商店和完成舰团的回收委托任务获得。
每5层的精英挑战关中会掉落高级装备经验材料。
每10层的boss挑战关中，可能获得天命·虚数核心或逆熵·虚数核心，矩阵难度越高，上述boss层掉落的装备经验材料奖励越丰厚，获得虚数核心的概率也越高。
