《第二次超级机器人大战Z：再世篇》的隐藏要素包括：
主角机リ･ブクラフト的换装系统
在2周目及以后，玩家可以随时在换装里更换射击和格斗两种形态。
具体的换装条件和流程包括在第7话“対決!悲しい青いドﾅｳ!”中使用鉄人28号说得ドﾅｳα1，以及在第31话结束时选择地上路线等。
强化芯片的获取
游戏中有多种强化芯片，可以通过完成特定条件获得，例如：
第15话“ﾏﾝ･ｱズ･ビﾌｫｰ”用ｴｽﾀｰ在如图位置待机入手“娘々名物まぐろまん”。
第18话“ｱｯｼｭﾌｫｰド･ﾗプｿデｨ”用ジﾉ移动到地图左下开始上数3格右数一格位置入手“ｱドﾚﾅﾘﾝｱﾝプﾙ”。
第23话“あなたは何もわかっていない”用西蒙站到地图上的卡米那像的格子处入手“補助GNドﾗｲヴ”。
第24话“ゼﾛと呼ばれたG”让デｭｵ移动到地图右上开始下数6格的位置入手“ｽｰパｰﾘペｱｷｯﾄ”。
隐藏机体的加入
游戏中有隐藏机体加入，例如：
第32话“奪われた鉄人”中，铁人28号作为增援加入。
第34话中，刹那出击并达到ACE（击坠70机）后，百式归队，与艾纽或者杰克斯发生战斗，使得Mr武士道出现，并击坠除了艾纽和杰克斯以外的敌人，再用洛克昂击坠她后出现生存剧情。
分支路线的选择
游戏中有不同的分支路线，选择不同的路线会影响剧情的发展和结局。例如：
第7话“対決!悲しい青いドﾅｳ!”中的选择会影响后续剧情。
第31话结束时选择地上路线或宇宙路线，也会影响后续剧情的发展。
这些隐藏要素为游戏增加了更多的趣味性和挑战性，建议玩家在通关后尝试完成这些隐藏要素以解锁更多内容和剧情。
